Sebagai kabupaten baru, di Kabupaten Asmat telah dibentuk 12 Dinas yaitu :

1. Dinas Perindustrian, Perdagangan dan Koperasi.
2. Dinas Pertambangan, Energi dan Lingkungan Hidup.
3. Dinas Pendidikan dan Pengajaran.
4. Dinas Kebudayaan dan Pariwisata.
5. Dinas Kesehatan.
6. Dinas Pertanian dan Peternakan.
7. Dinas Perikanan dan Kelautan.
8. Dinas Kehutanan dan Perkebunan.
9. Dinas Pekerjaan Umum.
10. Dinas Perhubungan.
11. Dinas Sosial.
12. Dinas Tenaga Kerja dan Perumahan.

Juga telah dibentuk 3 Badan yaitu :

1. Badan Pengawasan Daerah.
2. Badan Perencanaan Pembangunan Daerah.
3. Badan Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah.

Serta 3 Kantor yaitu :

1. Kantor Kesatuan Bangsa.
2. Kantor Catatan Kependudukan, KB dan Catatan Sipil.
3. Sekretariat Daerah yaitu Bagian Sosial, Bagian Pemerintahan Umum, Bagian Pemerintahan Kampung, Bagian Hukum, Bagian Organisasi, Bagian Umum, Bagian Kepegawaian, Bagian Pemberdayaan Perempuan.